藍(lán)莓苗的根系沒有根毛。正因如此，藍(lán)莓根系的吸收能力比具有根毛的根系小得多。其吸收面積只有同樣大小具有根毛的小麥根系的1/10。藍(lán)莓的根系細(xì)，呈纖維狀，細(xì)根在分枝前直徑為50～75um。
值得注意的是，幾乎所有藍(lán)莓的細(xì)根都有內(nèi)生菌根的寄生，從而克服藍(lán)莓根系由于沒 有根毛造成的對水分及養(yǎng)分的吸收困難。近年來，眾多的研究已，菌根的寄生對藍(lán)莓生長是有益的。
矮叢藍(lán)莓根系的主要部分是根狀莖。據(jù)估計，矮叢藍(lán)莓大約85%的莖組織為根狀莖。不定芽在根狀莖上萌發(fā)，并形成枝條。根狀莖一般為單軸形式，直徑3～6。根狀莖分枝頻繁，在地表下6～25深的土層內(nèi)形成緊密(穿插)的網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。新發(fā)生的根狀莖一般為粉紅色，而老根狀莖為暗棕色并且木栓化。矮叢藍(lán)莓的根系分布在上層中的有機(jī)質(zhì)層。

藍(lán)莓苗中期(新根初始形成量形成)可適當(dāng)降低濕度，以60%～75%為宜，可促進(jìn)根系和新葉生長；后期(根群形成后一出圃)對濕度要求不嚴(yán)格，50%-60%即可。此時根據(jù)長勢及環(huán)境變化可適當(dāng)揭膜放風(fēng)，較低濕度有利于控制病害的發(fā)生。

藍(lán)莓苗繁殖定植溝和定植穴的深度達(dá)到45～50厘米，而栽苗的深度顯然不會有這么深，挖這么深的溝、穴只是為了改良深層的土壤而已，即定植時對溝、穴中的土壤進(jìn)行下層填充。若土壤偏黏，在定植溝或定植穴中要摻人泥炭或腐熟的碎樹皮、干草、鋸屑等，上面蓋10厘米左右的土，以避免未腐熟的植物殘體和苗木根系直接接觸。也可在溝、穴土壤的下層預(yù)施少量農(nóng)家肥或無機(jī)復(fù)合肥作底肥，并將肥料與土充分混合，上面同樣蓋一層土。下層施肥有利于根系向縱深發(fā)展。