即所有轉化過程將不可避免地導致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應盡量不占用耕地和居民點用地，應采用能適應惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

2012年航空公司的累計碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實施初期，航空公司可以免費獲得一定比例的免費排放配額，但免費配額逐年減少，非免費配額需要通過有償拍賣獲得。