地殼中保存的屬于古地質(zhì)年代的動(dòng)物或植物的遺體、遺物或生物留下的痕跡叫化石。動(dòng)物化石包括“肉質(zhì)化石”和“骨質(zhì)化石”。

由于冰河運(yùn)動(dòng)、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過(guò)億萬(wàn)年的演變，生物硬體部才被保存下來(lái)。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮?，在自然環(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實(shí)體肉化石，因存世量少收藏價(jià)值。學(xué)者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實(shí)有“肉化石”存在，是人類(lèi)自然科學(xué)史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

早可以被明確歸類(lèi)于植物界的化石是在寒武紀(jì)時(shí)的綠藻化石。這些化石像是絨枝藻目鈣化了的多細(xì)胞成員。更早的前寒武紀(jì)化石中有發(fā)現(xiàn)像是單細(xì)胞綠藻的化石，但依然不確定是何種藻類(lèi)。


有胚植物現(xiàn)知古老的生痕化石源自于奧陶紀(jì)，雖然此類(lèi)的化石是零碎不全的。到了志留紀(jì)才有完整個(gè)化石被保留下來(lái)，包括石松門(mén)的“刺石松”。泥盆紀(jì)之后，萊尼蕨門(mén)的詳細(xì)化石在此時(shí)期被發(fā)現(xiàn)，此化石顯示出了其植物組織的單一個(gè)細(xì)胞。泥盆紀(jì)時(shí)亦出現(xiàn)了被認(rèn)為是古老樹(shù)木的植物“古羊齒屬”，此類(lèi)植物在其樹(shù)干上有蕨葉，但此蕨葉不會(huì)產(chǎn)生孢子。


松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槟切┑胤胶苋菀滓蚯治g作用而暴露。石化木通常都被嚴(yán)重地硅化（有機(jī)質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì)被保存在良好的狀態(tài)。此類(lèi)的樣本有些會(huì)使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現(xiàn)。


舌羊齒屬等種子蕨的化石廣泛分布在南半球的數(shù)個(gè)大陸中，此一事實(shí)支持了阿爾弗雷德·魏格納所提出的大陸漂移學(xué)說(shuō)。