醫(yī)院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進(jìn)行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學(xué)藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區(qū)可以用太陽能?；蛘哂梅贌ㄌ幚恚ㄒ娢勰喾贌??；瘜W(xué)藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達(dá)到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產(chǎn)物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產(chǎn)生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進(jìn)一步去除和降解有機(jī)污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機(jī)污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當(dāng)1m3污泥制取沼氣達(dá)15m3以上時，收集利用；當(dāng)1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進(jìn)行固體有機(jī)物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠(yuǎn)山區(qū)、經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)地區(qū)醫(yī)用處理的過渡措施，逐步實現(xiàn)二級處理或加強(qiáng)處理效果的處理。

根據(jù)國家環(huán)?？偩值挠嘘P(guān)規(guī)定（國家環(huán)?？偩?醫(yī)院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號 ），將各類醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類，與衛(wèi)生系統(tǒng)對醫(yī)院及醫(yī)療機(jī)構(gòu)的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指傳染性疾病?？漆t(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類非傳染性疾病的?？漆t(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、民族醫(yī)院和?？漆t(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結(jié)核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類醫(yī)院污水的處理，同時也包括療養(yǎng)院、康復(fù)醫(yī)院等其它醫(yī)療機(jī)構(gòu)和獸醫(yī)院的污水處理工程。