當采用處理流程時，醫(yī)院污水應與職工生活區(qū)污水、雨水分流，僅對醫(yī)院污水進行消毒處理；當采用二級或深度處理流程時，根據(jù)需要，職工生活區(qū)污水可與醫(yī)院污水河流進行處理，但廚房用水設(shè)隔油井（池）。醫(yī)療污水處理設(shè)備根據(jù)醫(yī)院污水的特點，一般采用成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。

曝氣機是通過散氣葉輪，將“微氣泡”直接注入未經(jīng)處理的污水中，在混凝劑和絮凝劑的共同作用下，懸浮物發(fā)生物理絮凝和化學絮凝，從而形成大的懸浮物絮團，在氣泡群的浮升作用下“絮團”浮上液面形成浮渣，利用刮渣機從水中分離；不需要清理噴嘴，不會發(fā)生阻塞現(xiàn)象。本設(shè)備整體性好，安裝方便，節(jié)省運行費用與占地面。

對于綜合醫(yī)院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。醫(yī)院污水經(jīng)化糞池進入調(diào)節(jié)池，調(diào)節(jié)池前部設(shè)置自動格柵，調(diào)節(jié)池內(nèi)設(shè)提升水泵。污水經(jīng)提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。
二級處理工藝流程(非傳染病和傳染病污水) ：傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理。各構(gòu)筑物須在密閉的環(huán)境中運行，通過統(tǒng)一的通風系統(tǒng)進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng)。
現(xiàn)代污水處理技術(shù)，按處理程度劃分，可分為、二級和三級處理，一般根據(jù)水質(zhì)狀況和處理后的水的去向來確定污水處理程度。 處理主要去除污水中呈懸浮狀態(tài)的固體污染物質(zhì)，物理處理法大部分只能完成處理的要求。經(jīng)過處理的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。處理屬于二級處理的預處理。 二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態(tài)的有機污染物質(zhì)（BOD，COD物質(zhì)），去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準，懸浮物去除率達95%出水效果好。 三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠?qū)е滤w富營養(yǎng)化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法等。
整個過程為通過粗格柵的原污水經(jīng)過污水提升泵提升后，經(jīng)過格柵或者篩率器，之后進入沉砂池，經(jīng)過砂水分離的污水進入初次沉淀池，以上為處理（即物理處理），初沉池的出水進入生物處理設(shè)備，有活性污泥法和生物膜法，（其中活性污泥法的反應器有曝氣池，氧化溝等，生物膜法包括生物濾池、生物轉(zhuǎn)盤、生物接觸氧化法和生物流化床），生物處理設(shè)備的出水進入二次沉淀池，二沉池的出水經(jīng)過消毒排放或者進入三級處理，處理結(jié)束到此為二級處理，三級處理包括生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法。二沉池的污泥一部分回流至初次沉淀池或者生物處理設(shè)備，一部分進入污泥濃縮池，之后進入污泥消化池，經(jīng)過脫水和干燥設(shè)備后，污泥被后利用。